Заплатки - это самораспаковывающиеся cab архивы, с расширением exe.
в них находятся патченные библиотеки и утилиты из каталогов %windir%/
при запуске перезаписывают одноименные файлы. точнее перезаписывают при перезагрузке после установки
Насчет СП2 - имеет смысл устанавливать в безопастном режиме. правда не всегда помогает..